番茄（SolanumlycopersicumL.）是一种典型的呼吸跃变型果实，在不同的成熟阶段其果实特征显著，常被用作研究果实成熟调控的模式材料。果实成熟过程中，其颜色、质地、香味、风味和营养成分等均发生显著的变化，这些变化影响其食用价值。目前，尽管针对果实成熟调控机理的研究已经很多，但是番茄果实成熟过程中众多基因的表达与调控机理尚不清楚。最近，circRNA在植物中的广泛分布逐渐引起人们的重视，并且前人研究表明circRNA在水稻和拟南芥中参与一系列的生长发育调控过程。但是目前为止，关于circRNA是否参与调控番茄果实成熟过程尚不清楚。
近日，长江大学园艺园林学院老师在百迈客完成测序和相关分析的文章被发表，下面让我们和大家一起聊聊文章的思路与结果，希望给大家一些思考与启发。
中文名:番茄果实成熟过程中环状RNA及其靶标基因的识别
英文名:IdentificationofcircularRNAsandtheirtargetsduringtomatofruitripeningpathwayintomato
杂志：PostharvestBiologyandTechnology，，JCR园艺学1区
影响因子：3.24
01研究目的
CircRNA-seq识别果实成熟过程中的circRNA，并对其基因调控网络进行生物信息学分析
02材料方法
供试番茄品种为‘AilsaCraig’，以绿熟期和红熟期的果实作为材料
03测序方法及数据量
百迈客IlluminaHiseq平台，去核糖体去线性RNA后建库测序，绿熟期数据量6Gb，红熟期数据量9Gb。
04研究结果
①番茄果实成熟过程中circRNA的鉴定和特征分析
通过circRNA-Seq完成番茄绿熟期和红熟期果实中circRNA的鉴定和基本特征分析。在两个样品中，共检测到个表达的circRNA，其中个仅在绿熟期果实中表达，个仅在红熟期果实中表达。在个circRNA中，有（75.74%）、（20.85%）和24（3.40%）个分别起源于外显子、内含子和基因间隔区。此外，1号染色体产生的circRNA数目最多，其次是7号和11号染色体，并且产生的大部分circRNA的长度小于2kb。可变剪切分析识别到个源于56个独立的染色体位点的可变反向环化剪切事件，其中39个源于外显子区域，16个源于基因间隔区，1个源于内含子区域。
图1circRNA基本特征分析
(A)：共表达和特异表达分析；(B)：来源分析；(C)：染色体分布分析；(D)：长度分析；(E)：可变剪切分析。
②差异表达circRNA注释和功能富集
在个检测到的circRNA中，个在绿熟期和红熟期果实中差异表达，其中个上调表达，个下调表达。GO分析的结果表明，这些亲本基因主要可以富集到3个主要的GO条目中，包括23个生物学过程，13个细胞组分，和12个分子功能。其中，和果实成熟相关的GO条目，包括细胞壁单元组织和生物合成（GO:）、激酶活性（GO:）、磷酸转移酶活性（GO:）以及信号转导活性（GO:）等均显著富集，表明这些circRNA可能参与番茄果实成熟的调控。
图2circRNAs表达分析和GeneOntology（GO）功能注释
（A）：circRNAs表达模式分析。红色、蓝色和黑色的点分别代表上调、下调和正常表达的circRNAs；
（B）：基于亲本基因对circRNAs进行GeneOntology（GO）功能注释。以biologicalprocess，molecularfunction和cellular
